Департамент в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие основные функции:
3.1. Готовит предложения по разработке федеральных и межрегиональных программ в сфере рыболовства и рыбохозяйственной деятельности, а также участвует в их реализации.
3.2. Разрабатывает областные целевые программы и инвестиционные проекты в сфере рыболовства и рыбохозяйственной деятельности.
Участвует в подготовке предложений по совершенствованию законодательства в сфере управления, воспроизводства, использования и охраны биоресурсов, в том числе:
- по распределению и перераспределению квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов, выделенных в установленном порядке для Сахалинской области;
- по установлению запретов и ограничений на использование водных биоресурсов;
- по разработке мер по предотвращению гибели водных биоресурсов при осуществлении хозяйственной или иной деятельности и судоходства.
3.3. Разрабатывает проекты законов и иных нормативных правовых актов Сахалинской области по вопросам, относящимся к компетенции Департамента.
3.4. В установленном порядке вносит предложения по разграничению полномочий между федеральными и региональными органами государственной власти в сфере рыболовства в целях координации деятельности по созданию механизма управления, воспроизводства, использования и охраны водных биологических ресурсов.
3.5. Разрабатывает предложения по распределению квот на добычу (вылов) водных биоресурсов между пользователями Сахалинской области:
- для осуществления промышленного прибрежного рыболовства;
- для организации любительского и спортивного рыболовства;
- в целях обеспечения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера Сахалинской области;
- для осуществления промышленного рыболовства в пресноводных водных объектах.
3.6. Разрабатывает предложения по формированию перечня рыбопромысловых участков на территории Сахалинской области, включающих в себя акватории внутренних вод Российской Федерации, в том числе внутренних морских вод Российской Федерации, и территориального моря Российской Федерации.
3.7. {пункт 3.7. исключен постановлением администрации Сахалинской области от 02.09.2008 N 273-па}
3.8. Разрабатывает предложения по экономическому стимулированию деятельности предприятий рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
3.9. Представляет интересы области при проведении ресурсных исследований для систематической оценки и прогноза состояния отдельных популяций (видов) водных биологических ресурсов и экосистемы в целом, в части определения перспективы промысла водных биологических ресурсов, а также разработки средне- и долгосрочных прогнозов развития рыбохозяйственного комплекса области.
3.10. Создает единое информационное пространство рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области с внедрением эффективной системы мониторинга состояния отрасли, в том числе в разрезе муниципальных образований и рыбохозяйственных ассоциаций (объединений).
3.11. Готовит предложения по положению о Сахалинском рыбохозяйственном совете, его составу, включая рабочую группу, а также по деятельности иных совещательных органов, создаваемых на территории Сахалинской области в сфере рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
3.12. Участвует в установленном порядке во внешнеэкономической деятельности Сахалинской области.
3.13. Проводит комплексный анализ социально-экономического и научно-технического развития рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
3.14. Участвует в организации и проведении научных исследований в сфере деятельности рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
3.15. Осуществляет контроль совместно с областными органами исполнительной власти Сахалинской области за целевым использованием бюджетных средств, направляемых для развития рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
3.16. Участвует в установленном порядке в работе органов управления акционерных обществ.
3.17. Осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение обращений граждан и юридических лиц, принятие по ним в пределах своей компетенции решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок.
3.18. Вносит предложения о создании областных государственных унитарных предприятий рыбохозяйственного комплекса.
3.19. Вносит и согласовывает предложения о награждении государственными наградами работников рыбного хозяйства, а также о присвоении им почетных званий.