2.1. Реализация государственной политики в сфере рационального использования водных биологических ресурсов, их сохранения и воспроизводства на территории Сахалинской области.
2.2. Регулирование использования водных биоресурсов, отнесенных в установленном порядке к управлению Сахалинской области, и координация деятельности субъектов рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области, независимо от форм собственности, осуществляющих свою деятельность на территории Сахалинской области.
2.3. Разработка предложений по:
- формированию системы управления водными биологическими ресурсами, соответствующей федеральному устройству государства и особенностям функционирования рыночной экономики, применительно к условиям Сахалинской области;
- изучению, освоению, охране и воспроизводству водных биоресурсов на территории Сахалинской области;
- созданию эффективных механизмов взаимодействия между государственными органами власти, органами местного самоуправления, пользователями водных биоресурсов по решению вопросов, связанных с использованием водных биоресурсов;
- разграничению полномочий между федеральными органами государственной власти и Сахалинской областью в сфере использования водных биоресурсов, а также делегированию части полномочий органам местного самоуправления.
2.4. Разработка и внедрение рационального механизма, сочетающего в себе административные и экономические методы государственного регулирования деятельности субъектов рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области.
2.5. Формирование и проведение на территории Сахалинской области эффективной инвестиционной, экономической и социальной политики в сфере рыболовства, включая развитие правовой базы, в целях стимулирования инновационного и инвестиционного процессов в рыбохозяйственном комплексе Сахалинской области.
2.6. Организация и проведение мероприятий по обеспечению мобилизационной готовности Департамента.