Обязанности по реализации Программы, достижению конечного результата и эффективному использованию денежных средств, выделяемых на выполнение Программы, возлагается на Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Контрольные проверки хода реализации Программы в части капитальных вложений осуществляет Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай и Министерства регионального развития Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и затраты по программным мероприятиям, объемы и источники финансирования, механизм реализации Программы, состав исполнителей.
Министерство регионального развития Республики Алтай ведет учет и осуществляет хранение документов, касающихся капитальных вложений по Программе, направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай ежегодно до 1 февраля года, следующего за отчетным периодом, справочную информацию о реализации Программы.