Управление Подпрограммой и контроль за ее исполнением возлагается на Министерство регионального развития Республики Алтай.
Контроль ведется на основе предоставления ежеквартальной отчетности муниципальными образованиями в Республике Алтай Министерству регионального развития Республики Алтай для подготовки и предоставления сводного отчета в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Контрольные проверки использования целевых средств осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай совместно с Министерством финансов Республики Алтай и Министерством экономического развития и инвестиций Республики Алтай.