2.1. Департамент является юридическим лицом, имеет самостоятельный баланс, лицевые счета в Управлении Федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Республике Саха (Якутия), Департаменте республиканского казначейства Министерства финансов Республики Саха (Якутия), гербовую печать с изображением Государственного герба Республики Саха (Якутия) со своим наименованием и другими реквизитами органов исполнительной власти Республики Саха (Якутия).
2.2. Департамент является прямым распорядителем и получателем средств, выделяемых из бюджета Республики Саха (Якутия), и субвенций из федерального бюджета на осуществление республиканских и переданных федеральных полномочий в области водных отношений, и внебюджетных средств, поступающих от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности. Департамент осуществляет функции государственного заказчика в сфере своей деятельности.
2.3. Решения Департамента по вопросам, входящим в его компетенцию, в пределах его полномочий, установленных действующим законодательством, обязательны для исполнения всеми органами государственной власти Республики Саха (Якутия), а также физическими и юридическими лицами, независимо от форм собственности.
2.4. Департамент выступает истцом и ответчиком в суде в соответствии с действующим законодательством.
2.5. Департамент отвечает по своим обязательствам в пределах средств, имеющихся на лицевых счетах Департамента.