Общее руководство и контроль за реализацией Программы осуществляет государственный заказчик - Правительство Карачаево-Черкесской Республики, его уполномоченные органы - Министерство экономического развития Карачаево-Черкесской Республики и Министерство финансов и имущественных отношений Карачаево-Черкесской Республики.
Координатор Программы - Министерство труда и социального развития Карачаево-Черкесской Республики совместно с исполнителями мероприятий Программы осуществляет подготовку и предоставление в установленном порядке справочно-аналитической информации и ежегодных информаций о ходе реализации мероприятий Программы и эффективности использования финансовых средств.