Реализация Программы осуществляется Министерством сельского хозяйства Республики Дагестан, Комитетом Правительства Республики Дагестан по виноградарству и алкогольной промышленности "Дагвино" и органами местного самоуправления муниципальных образований Республики Дагестан (по согласованию).
Органам местного самоуправления муниципальных образований Республики Дагестан рекомендуется на основе Программы разработать и утвердить районные программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия.
В соответствии с Законом Республики Дагестан "О развитии сельского хозяйства в Республике Дагестан" создается экспертная комиссия, которая ежегодно дает заключение, содержащее оценку результатов реализации и эффективности каждого из мероприятий настоящей Программы, степени достижения целей государственной аграрной политики и рекомендации об изменении таких мероприятий.
Заключение экспертной комиссии направляется в органы государственной власти Республики Дагестан и публикуется в средствах массовой информации.