Управление Республиканской целевой программой осуществляется Государственным заказчиком или уполномоченным им лицом. Государственный заказчик осуществляет координацию реализации мероприятий Программы, контроль за целевым и эффективным использованием бюджетных средств, мониторинг выполнения программных мероприятий.
Органы местного самоуправления формируют реестр ветхих и аварийных муниципальных жилых домов в муниципальном образовании, разрабатывают и утверждают муниципальные программы, осуществляют контроль за выполнением Программы на местном уровне, участвуют в подготовке предложений по порядку переселения граждан, осуществляют учет граждан, нуждающихся в предоставлении социального жилья, согласно жилищному законодательству.
Контроль за реализацией Программы осуществляет Государственный заказчик.