5.1. Начальник Управления подчинен губернатору Магаданской области и первому заместителю губернатора области, курирующему деятельность Управления.
5.2. Начальник Управления:
5.2.1. Руководит Управлением на основе единоначалия в пределах предоставленных ему полномочий.
5.2.2. Утверждает структуру, штатное расписание Управления в соответствии с предельной штатной численностью и ассигнованиями на его содержание.
5.2.3. Назначает на должности и освобождает от должностей сотрудников Управления, согласовывает с заместителем губернатора Магаданской области в соответствии с распределением обязанностей между губернатором и заместителями губернатора Магаданской области назначение на должность заместителя начальника Управления.
5.2.4. Обеспечивает переподготовку и повышение квалификации работников.
5.2.5. Представляет Управление без доверенности в отношениях с органами государственной власти, органами местного самоуправления, организациями и гражданами.
5.2.6. В пределах своей компетенции по вопросам внутренней организации работы Управления издает приказы и распоряжения.
5.2.7. Распоряжается финансовыми средствами согласно утвержденной бюджетной смете на соответствующий финансовый год.