На Главное управление МЧС России по Республике Алтай, Государственное учреждение Республики Алтай "Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай" возлагаются обязанности по реализации программных мероприятий, осуществлению мер по достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение Программы.
Главное управление МЧС России по Республике Алтай, Государственное учреждение Республики Алтай "Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай" с учётом выделяемых на реализацию целевой программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и затраты по программным мероприятиям, объёмы и источники финансирования, механизм реализации Программы, состав исполнителей с Министерством экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Главное управление МЧС России по Республике Алтай, Государственное учреждение Республики Алтай "Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай" ведёт учёт и осуществляет хранение документов, касающихся целевой программы (заключения, соглашения, договоры (контракты), правовые акты, отчеты, утвержденную целевую Программу, акты сверки выполненных работ, копии бюджетных заявок, результаты анализов хода выполнения мероприятий, достижений результатов).
Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай, Государственного учреждения Республики Алтай "Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай", заинтересованных исполнительных органов государственной власти Республики Алтай осуществляет контрольные проверки хода реализации Программы. В ходе проверки оценивается выполнение сроков реализации отдельных мероприятий, целевое и эффективное использование средств, выделяемых на реализацию данной Программы, привлечение внебюджетных источников и средств республиканского бюджета Республики Алтай на выполнение Программы.