Общий контроль за ходом реализации мероприятий Программы осуществляет Департамент сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Курганской области - координатор Программы.
Главы муниципальных районов (по согласованию) ежеквартально предоставляют в Департамент сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Курганской области информацию о ходе выполнения мероприятий Программы и достигнутых результатах.
Департамент сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Курганской области ежеквартально обобщает и направляет Губернатору Курганской области информацию о ходе выполнения Программы.
Департамент сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Курганской области и финансовое управление Курганской области осуществляют контроль за эффективным и целевым использованием бюджетных средств, направленных на реализацию мероприятий Программы.
Итоги реализации Программы ежегодно рассматриваются на заседании Правительства Курганской области.