Управление реализацией Программы осуществляется Правительством Республики Алтай.
Правительство Республики Алтай готовит бюджетные заявки на выделение ежегодных ассигнований для финансирования настоящей Программы из республиканского бюджета Республики Алтай и представляет их Министерству экономического развития и инвестиций Республики Алтай, а также предоставляет ему ежегодные отчеты об использовании выделенных средств.
Контроль за целевым и эффективным использованием средств республиканского бюджета Республики Алтай осуществляют Министерство финансов Республики Алтай и Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.