Оперативное управление и текущий контроль за выполнением Программы осуществляет Министерство здравоохранения Кабардино-Балкарской Республики.
Контроль за реализацией Программы осуществляют Парламент Кабардино-Балкарской Республики и Правительство Кабардино-Балкарской Республики.
Министерство здравоохранения Кабардино-Балкарской Республики ежегодно в установленном порядке информирует Правительство Кабардино-Балкарской Республики о ходе реализации Программы.
Правительство Кабардино-Балкарской Республики ежегодно представляет в Парламент Кабардино-Балкарской Республики в составе отчета об итогах исполнения республиканского бюджета Кабардино-Балкарской Республики на соответствующий финансовый год информацию о ходе реализации Программы.