5.1. Министерство возглавляет министр, входящий в состав Правительства Республики Бурятия, назначаемый и освобождаемый от должности Президентом Республики Бурятия.
5.2. Министр осуществляет общее руководство деятельностью Министерства на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство полномочий.
5.3. Министр имеет трех заместителей, одновременно являющихся руководителями комитетов Министерства, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Республики Бурятия.
5.4. Министр:
5.4.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
5.4.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Министерства.
5.4.3. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Министерства.
5.4.4. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Министерстве.
5.4.5. Утверждает штатное расписание Министерства в пределах установленных Правительством Республики Бурятия фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на его содержание в пределах средств, утвержденных на соответствующий период, предусмотренных в республиканском бюджете.
5.4.6. Представляет в установленном порядке работников Министерства и находящихся в ведении Министерства организаций, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами.
5.4.7. Издает приказы, имеющие нормативный характер, а по оперативным и другим текущим вопросам организации деятельности Министерства - приказы ненормативного характера.
5.4.8. Осуществляет иные функции в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены законами Республики Бурятия, нормативно-правовыми актами Президента Республики Бурятия и Правительства Республики Бурятия.
5.5. Структурными подразделениями Министерства являются комитеты по основным направлениям деятельности Министерства. В состав комитетов включаются отделы, секторы.
5.6. При Министерстве образуется коллегия в составе министра (председатель коллегии), его заместителей, руководителей структурных подразделений Министерства, ученых и специалистов, руководителей организаций, предприятий.
5.7. Деятельность Министерства финансируется за счет средств республиканского бюджета, предусмотренных на содержание исполнительных органов государственной власти Республики Бурятия.
5.8. Имущество Министерства является государственной собственностью Республики Бурятия и закреплено за Министерством на праве оперативного управления. Министерство владеет, пользуется и распоряжается принадлежащим ему имуществом в соответствии с целями своей деятельности в рамках действующего законодательства.