Механизм реализации Программы имеет трехступенчатую структуру и предусматривает использование различных форм и методов государственного регулирования:
- на федеральном уровне осуществляется прямое финансирование из федерального бюджета, установление льгот, создание благоприятного инвестиционного климата, разработка нормативно-правовой базы, научное и правовое сопровождение;
- на региональном уровне осуществляется финансирование программных мероприятий из средств республиканского бюджета, предоставление льгот по налогам и тарифам, установленным в соответствии с республиканским законодательством;
- на уровне органов местного самоуправления могут решаться вопросы финансирования программных мероприятий, находящиеся в их компетенции, а также предоставления муниципальных гарантий на кредиты, получаемые сельскохозяйственными товаропроизводителями.
В целях эффективного управления финансовыми ресурсами всех уровней, направляемыми на реализацию программных мероприятий, будут привлечены заинтересованные федеральные и республиканские органы исполнительной власти, союзы (ассоциации) сельскохозяйственных товаропроизводителей.
По каждой подпрограмме определен перечень исполнителей программных мероприятий:
1. По подпрограммам "Развитие агропромышленного комплекса", "Развитие табунного коневодства", "Развитие традиционных отраслей Севера", "Развитие сельскохозяйственной кооперации" - Министерство сельского хозяйства РС (Я).
2. По подпрограмме "Развитие сельских территорий" - Министерство строительства и промышленности строительных материалов РС (Я), Министерство жилищно-коммунального хозяйства и энергетики РС (Я), Министерство сельского хозяйства РС (Я), Министерство промышленности РС (Я), Министерство транспорта, связи и информатизации РС (Я), Министерство здравоохранения РС (Я), Министерство образования РС (Я), Министерство культуры и духовного развития РС (Я), Министерство охраны природы РС (Я), Министерство имущественных отношений РС (Я), Министерство по делам предпринимательства и развития туризма РС (Я), Государственный комитет РС (Я) по физической культуре и спорту.
Реализация мероприятий осуществляется на основе заключенных соглашений между Министерством сельского хозяйства Республики Саха (Якутия), органами местного самоуправления и хозяйствующими субъектами. В соглашениях по каждой подпрограмме устанавливаются уровни софинансирования и участия органов местного самоуправления и хозяйствующих субъектов.