Государственный заказчик - координатор Программы - Министерство экологии и природопользования Московской области.
Государственный заказчик подпрограммы "Охрана окружающей среды Московской области" - Министерство экологии и природопользования Московской области.
Государственный заказчик подпрограммы "Строительство и реконструкция природоохранных объектов коммунального назначения" - Министерство жилищно-коммунального хозяйства Московской области.
Исполнители Программы - центральные исполнительные органы государственной власти Московской области, органы местного самоуправления муниципальных образований Московской области (по согласованию) и организации, привлекаемые на конкурсной основе.