5.1. Департамент возглавляет директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором области.
5.2. В Департаменте предусматриваются должности первого заместителя директора Департамента и двух заместителей директора Департамента.
5.3. Первый заместитель директора Департамента, заместители директора Департамента и начальники управлений назначаются на должность и освобождаются от должности Губернатором Тюменской области.
5.4. В период отсутствия директора Департамента по причине отпуска, болезни, командировки или иным причинам исполнение его обязанностей возлагается на первого заместителя директора Департамента.
5.5. Директор Департамента:
1) определяет функции структурных подразделений Департамента, утверждает положения о них;
2) решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и Тюменской области о государственной службе вопросы, связанные с прохождением областной государственной службы в Департаменте;
3) утверждает штатное расписание Департамента в пределах установленных фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание Департамента в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в областном бюджете;
4) принимает на работу и увольняет с работы служащих Департамента, вносит в соответствующие органы предложения о назначении руководителей подведомственных государственных предприятий и учреждений;
5) в пределах своей компетенции издает приказы по вопросам, отнесенным к компетенции Департамента, а также по вопросам внутренней организации работы Департамента;
6) награждает Почетной грамотой Департамента за успехи в труде работников, коллективы сельхозпредприятий и учреждений агропромышленного комплекса области;
7) действует без доверенности от имени Департамента, представляет его интересы во всех российских и иностранных учреждениях, организациях и предприятиях, в соответствии с действующим законодательством распоряжается имуществом Департамента, заключает договоры, выдает доверенности, открывает счета, распоряжается финансовыми средствами, дает указания, утверждает локальные нормативные правовые акты.