Текущий контроль за реализацией программы осуществляется государственным заказчиком программы - управлением здравоохранения правительства области.
Контроль ведется на основании государственной статистической отчетности и включает:
периодическую отчетность исполнителей о реализации программы;
контроль за целевым и эффективным использованием финансовых средств, выделенных по программе;
контроль за соблюдением сроков и качеством выполнения объемов запланированных работ.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им финансовых средств и выполнении программы в соответствии с бюджетным законодательством.
Управление здравоохранения правительства области представляет в управление экономики правительства области ежеквартальные и в правительство области ежегодные отчеты о ходе и результатах реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.