4.1. Департамент возглавляет директор Департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности правовым актом Администрации автономного округа.
Директор Департамента несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
4.2. Директор Департамента имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора - осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии. Заместитель директора непосредственно руководит одним из управлений Департамента.
Первый заместитель директора Департамента, осуществляющий свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Администрации автономного округа по представлению директора Департамента, согласованному с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим соответствующую сферу.
4.3. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора Департамента, от имени представителя нанимателя подписывает руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
4.4. Структурными подразделениями Департамента являются управления по основным направлениям деятельности Департамента. В состав управлений включаются отделы и секторы.
4.5. Директор Департамента:
4.5.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
4.5.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Департамента, должностные регламенты государственных гражданских служащих и должностные инструкции других работников Департамента.
4.5.3. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Департамента.
4.5.4. Представляет Администрации автономного округа предложения по внесению изменений в штатное расписание Департамента.
4.5.5. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством автономного округа о гражданской государственной службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Департаменте.
4.5.6. Утверждает ежегодный план работы и показатели деятельности подведомственных Департаменту государственных учреждений, а также отчёты об их деятельности.
4.5.7. Вносит в Администрацию автономного округа проекты нормативных правовых актов, другие документы.
4.5.8. В установленном порядке представляет в Администрацию автономного округа предложения о создании, реорганизации и ликвидации подведомственных Департаменту государственных учреждений.
4.5.9. Представляет в установленном порядке работников Департамента и подведомственных Департаменту государственных учреждений, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий автономного округа.
4.5.10. Подписывает правовые акты Департамента.
4.5.11. Утверждает уставы, штатные расписания, сметы доходов и расходов на содержание подведомственных Департаменту государственных организаций в пределах утверждённых на соответствующий период бюджетных ассигнований. Заключает и расторгает трудовые договоры с руководителями подведомственных Департаменту государственных учреждений, назначает их на должность, освобождает от должности.
4.5.12. По вопросам, входящим в полномочия Департамента, представляет без доверенности интересы Департамента в федеральных органах государственной власти, органах государственной власти субъектов Российской Федерации, муниципальных образованиях автономного округа, судебных органах, в организациях и учреждениях.
4.5.13. Выдаёт доверенности, заключает договоры и соглашения в пределах полномочий Департамента.
4.6. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящиеся к компетенции Департамента.