Проблема охраны окружающей среды относится к числу центральных задач Стратегии. Ее решение будет обеспечиваться посредством осуществления в предстоящей перспективе глубокой, экологически ориентированной структурной перестройки всей системы хозяйственной деятельности в республике. Наряду с этим предстоит существенно перестроить экономический механизм хозяйствования, нацелив его на безопасное и рациональное природопользование, обеспечивающего решение важнейших задач и целеустановок Стратегии перехода республики к устойчивому развитию. Одной из важнейших предпосылок экологизации экономического механизма является изменение общественного сознания в республике, утверждение экологически ориентированных форм поведения у основной массы населения Бурятии, у всех субъектов хозяйственной деятельности.
Составной частью Стратегии станет комплекс конкретных мероприятий, призванных обеспечить защиту окружающей среды, значительно улучшить экологический климат в республике. Эти мероприятия будут осуществляться по следующим направлениям.
Во-первых, основное внимание предполагается уделить укреплению экологической инфраструктуры республики, предназначенной для предотвращения вредного антропогенного воздействия на основные экоресурсы республики - атмосферный воздух, водные ресурсы, почву. В рамках реализации этого направления Стратегией намечен круг следующих мероприятий: (1) строительство сооружений по доочистке сточных вод в г. Бабушкине; в санатории "Байкальский Бор"; поселках Гусиное озеро, Онохой, Селендума и Кабанск; на железнодорожных станциях Кичера, Ангоя, Новый Уоян, Янчукан; в левобережной и правобережной частях г. Улан-Удэ; (2) строительство канализационных коллекторов в п. Южный и с. Балта.
Во-вторых, намечается реализация мероприятий по снижению воздействия на окружающую среду отходов производства и потребления, включающих в себя: (1) строительство мусороперерабатывающего завода в г. Улан-Удэ; (2) мероприятия по ликвидации подпочвенного скопления нефтепродуктов, загрязняющих воды р. Селенги в районе п. Стеклозавод (г. Улан-Удэ).
В-третьих, предусматривается широкий комплекс мероприятий по поддержке одного из важнейших достояний республики - ее охраняемых природных территорий - заповедников "Байкальский", "Баргузинский", "Тункинский", "Национальный парк", а также Забайкальского национального парка. Реализация предусмотренных по данному направлению мероприятий позволит улучшить экологическую ситуацию на указанных территориях, укрепит их материально - техническую базу, даст возможность существенно расширить проводимые на этих территориях программы экологически воспитательного и образовательного характера.
Большое внимание будет также уделено воспроизводству запасов ценных видов рыбы. В этих целях Стратегией намечены: (1) строительство стационарной садковой базы Баргузинского рыбоводного завода; (2) строительство питомника по выращиванию молоди сазана с выпуском сеголеток в объеме 1,6 млн. шт.; (3) строительство выростных прудов на Селенгинском омулево - осетровом заводе; (4) строительство Северо - Байкальского омулевого рыбоводного завода. Реализация этих проектов позволит существенно укрепить потенциал рыбных ресурсов Бурятии, содействовать развитию малых предприятий по переработке рыбы, улучшить снабжение населения республики собственной рыбопродукцией.