В 2009 - 2010 годах был осуществлен переход учреждений бюджетного сектора экономики Республики Саха (Якутия) на новые системы оплаты труда, адаптированные к современным экономическим условиям. В государственных (муниципальных) учреждениях применяются отраслевые системы оплаты труда на основе профессиональных квалификационных групп, позволяющие учесть специфику труда в учреждении того или иного вида деятельности.
Внедрение новых механизмов предоставило возможность учреждениям осуществлять эффективное управление персоналом путем введения дифференциации по качеству и эффективности труда работника, создало условия для повышения качества и доступности государственных (муниципальных) услуг, эффективности использования бюджетных средств. Расширены права главных распорядителей бюджетных средств и руководителей учреждений в установлении условий оплаты труда. Размер заработной платы руководителя поставлен в зависимость от средней заработной платы основного персонала возглавляемого им учреждения и от достижения целевых показателей эффективности работы учреждения.
При этом остается низким уровень заработной платы отдельных категорий работников. Номинальная начисленная заработная плата по республике за 2011 год составила 34 051 рублей, в том числе в государственных (муниципальных) учреждениях здравоохранения - 23 269 рублей (68% от среднереспубликанского уровня), образования - 21 101 рублей (62%), предоставления социальных услуг - 19 083 рублей (56%), культуры и спорта - 17 369 рублей (51%).
В структуре фонда оплаты труда отдельных учреждений остается незначительной доля средств на премирование, что не позволяет в полной мере реализовать стимулирующую функцию заработной платы.
Отмечаются такие негативные явления, как сохранение большого числа работников, размер заработной платы которых ниже величины прожиточного минимума, и низкая покупательная способность основной государственной гарантии в области оплаты труда - минимальной заработной платы.
Республиканским (региональным) соглашением "О минимальной заработной плате в Республике Саха (Якутия)" размер минимальной заработной платы с 1 декабря 2011 года установлен в сумме 6 614 рублей в месяц. По состоянию на 1 июля 2012 года покупательная способность составила 59,5 процентов величины прожиточного минимума трудоспособного населения против 67,5 процентов в целом по Российской Федерации. По итогам выборочного обследования, проведенного органами государственной статистики в апреле 2011 года, каждый десятый работник получает заработную плату ниже прожиточного минимума трудоспособного населения.
С 2011 года принятие решений о дополнительном увеличении заработной платы по отдельным категориям работников образования, здравоохранения и культуры повлекло нарушение дифференциации в оплате труда между категориями работников бюджетного сектора экономики, объективно обоснованной сложностью труда.
В отраслях социальной сферы допускаются неэффективные расходы, в том числе вызванные дисбалансом в структуре работающих (высокий удельный вес административно-управленческого и прочего персонала).