Основными задачами Департамента являются:
2.1. Реализация на территории Республики Саха (Якутия) государственной политики в области водных отношений.
2.2. Организация рационального использования водных ресурсов.
2.3. Осуществление мер по охране водных объектов.
2.4. Организация обеспечения сохранности водных ресурсов.
2.5. Организация обеспечения защиты территорий от негативного воздействия вод.
2.6. Участие в разработке и реализации государственных программ в области водных отношений.
2.7. Разработка и внедрение административных регламентов и стандартов государственных услуг в подведомственных учреждениях.