Организацию и проведение референдума Республики Хакасия осуществляют:
- Центральная избирательная комиссия Республики Хакасия, выступающая в качестве Центральной комиссии по проведению референдума Республики Хакасия;
- территориальные (районные, городские - в городах республиканского значения) комиссии по проведению референдума Республики Хакасия;
- участковые комиссии по проведению референдума Республики Хакасия.