Совет Министров Республики Хакасия осуществляет систематический контроль за деятельностью министерств и государственных комитетов Республики Хакасия, других подведомственных ему органов.
Совет Министров Республики Хакасия принимает меры к тому, чтобы министерства и государственные комитеты Республики Хакасия, другие подведомственные ему органы в полном объеме использовали представленные им права для выполнения возложенных на них задачи осуществления ими своей функции, для самостоятельного решения отнесенных к их ведению вопросов.
Совет Министров Республики Хакасия может налагать на министров Республики Хакасия, председателей государственных комитетов Республики Хакасия, руководителей других подведомственных ему органов, а также на их заместителей дисциплинарные взыскания.