Исполнители Программы несут ответственность за своевременное выполнение мероприятий, рациональное использование выделенных бюджетных средств. Контроль исполнения Программы осуществляет Правительство Республики Марий Эл. Министерства, комитеты и ведомства Республики Марий Эл, указанные в графе "исполнители" Программы первыми, являются ответственными за выполнение основных мероприятий и представляют дважды в год (20 июля и 20 января) в Правительство Республики Марий Эл доклады о результатах работы по выполнению Программы. О ходе её выполнения Правительство Республики Марий Эл заслушивает представителей министерств и ведомств - исполнителей Программы. По итогам совещаний принимается соответствующее решение, обязательное для исполнителей Программы.
О ходе выполнения мероприятий Программы Правительство Республики Марий Эл готовит ежегодно, до 10 марта, доклад Президенту Республики Марий Эл.