Контроль за реализацией программы осуществляется Министерством сельского хозяйства и продовольствия Республики Марий Эл. Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Марий Эл два раза в год в установленном порядке направляет информацию о ходе реализации программы в Правительство Республики Марий Эл.