Для рассмотрения вопросов планирования и организации работы Государственной счетной палаты, методологии контрольно-ревизионной деятельности, отчетов и информационных сообщений, направляемых Государственному Собранию Республики Марий Эл, образуется Коллегия Государственной счетной палаты. В состав Коллегии входят Председатель Государственной счетной палаты, его заместитель и аудиторы Государственной счетной палаты.
По совместному предложению Председателя Государственной счетной палаты и его заместителя Коллегия принимает Регламент Государственной счетной палаты, утверждает содержание направлений деятельности, возглавляемых аудиторами Государственной счетной палаты.