Судьи Высшего арбитражного суда Республики Марий Эл назначаются Государственным Собранием Республики Марий Эл по представлению Президента Республики Марий Эл.
Председатель Высшего арбитражного суда Республики Марий Эл, заместители Председателя Высшего арбитражного суда Республики Марий Эл, председатели судебных коллегий Высшего арбитражного суда Республики Марий Эл назначаются Государственным Собранием Республики Марий Эл по представлению Президента Республики Марий Эл после предварительного рассмотрения этих кандидатур в Высшей квалификационной коллегии судей Российской Федерации.