Государственное управление отношениями недропользования осуществляется Верховным Советом Республики Марий Эл, Президентом Республики Марий Эл, Правительством Республики Марий Эл, а также органом управления государственным фондом недр (Министерством геологии Республики Марий Эл).
Орган управления государственным фондом недр не может выполнять функции управления хозяйственной деятельностью предприятий, осуществляющих разведку и разработку месторождений полезных ископаемых либо строительство и эксплуатацию подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых.