К полномочиям администрации области в сфере регулирования водных отношений относятся:
1) согласование признания водных объектов, расположенных на территории области, федеральной собственностью;
2) регулирование совместно с Российской Федерацией вопросов владения, пользования и распоряжения водными объектами, находящимися в государственной собственности;
3) признание водных объектов областной собственностью по согласованию с соответствующими федеральными органами исполнительной власти;
4) заключение договоров о разграничении предметов ведения и полномочий в сфере использования и охраны водных объектов между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти области;
5) разработка и принятие нормативных правовых актов, регулирующих водные отношения на территории области;
6) участие в соответствии с порядком, определенным законодательством Российской Федерации, в разработке, согласовании, государственной экспертизе и реализации схем комплексного использования и охраны водных ресурсов на территории области;
7) установление лимитов водопользования (водопотребления и водоотведения) гражданам и юридическим лицам в пределах лимитов, установленных области по водным объектам, находящимся в государственной собственности, в порядке, определенном законодательством Российской Федерации;
8) управление и распоряжение средствами областного фонда восстановления и охраны водных объектов в порядке, определенном законом области;
9) разработка, утверждение и реализация областной государственной программы по восстановлению, охране и использованию водных объектов;
10) заключение договоров пользования водными объектами в порядке, определенном законодательством Российской Федерации;
11) осуществление государственного контроля за использованием и охраной водных объектов;
12) проведение в соответствии с порядком, определенным законодательством Российской Федерации, государственной экспертизы предпроектной и проектной документации на строительство и реконструкцию хозяйственных и других объектов, влияющих на состояние водных объектов на территории области;
13) утверждение правил пользования водными объектами для плавания на маломерных плавательных средствах и правил охраны жизни людей на водных объектах в области;
14) разрешение по согласованию со специально уполномоченными государственными органами использования в исключительных случаях для питьевого водоснабжения населения или иных целей водных объектов, содержащих природные лечебные ресурсы;
15) установление режима использования обособленных водных объектов, не находящихся в государственной собственности, при чрезвычайных ситуациях;
16) охрана исконной среды обитания и традиционного образа жизни малочисленных народов Севера, проживающих на территории области, при использовании водных объектов;
17) установление в соответствии с порядком, определенным законодательством Российской Федерации, водоохранных зон и прибрежных защитных полос на водных объектах;
18) принятие в соответствии с порядком, установленным законодательством Российской Федерации, решений о запрещении ввода в эксплуатацию, а также ограничение, приостановление и запрещение эксплуатации хозяйственных и других объектов, негативно влияющих на состояние водных объектов;
19) определение порядка использования полезных ископаемых и других ресурсов, извлекаемых при проведении работ на водных объектах;
20) осуществление государственного контроля за соблюдением режима использования и охраны природных ресурсов и иной хозяйственной деятельности граждан и юридических лиц в водоохранной зоне;
21) утверждение по представлению специально уполномоченного государственного органа управления использованием и охраной водного фонда размера сбора за выдачу лицензий на водопользование;
22) разрешение по согласованию со специально уполномоченным государственным органом управления использованием и охраной водного фонда и с государственным органом управления использованием и охраной недр использования в исключительных случаях подземных вод для целей, не связанных с питьевым и хозяйственно - бытовым водоснабжением на территориях, где отсутствуют поверхностные водные объекты и имеются достаточные запасы подземных вод, пригодных для питьевого водоснабжения;
23) ограничение, приостановление или запрещение использования водных объектов для промышленности и энергетики по представлению специально уполномоченного государственного органа управления использованием и охраной водного фонда в случаях стихийных бедствий, аварий и других чрезвычайных ситуаций;
24) согласование использования и охраны водохранилищ для гидроэнергетики;
25) определение перечня водных объектов, предназначенных для сохранения, воспроизводства и добычи рыбных ресурсов;
26) предоставление совместно со специально уполномоченным государственным органом управления использованием и охраной водного фонда водных объектов гражданам и юридическим лицам, имеющим лицензии на долгосрочное пользование объектами животного мира;
27) осуществление иных полномочий в сфере регулирования водных отношений, не отнесенных к полномочиям Российской Федерации.