1. Контроль за использованием средств фонда осуществляют Законодательное собрание области и Контрольно - счетная палата области.
2. Отчет об использовании средств фонда представляется Губернатором области на рассмотрение Законодательного собрания области одновременно с годовым отчетом об исполнении областного бюджета.
3. В случае передачи функций областного государственного заказчика специально уполномоченному органу управления использованием и охраной водного фонда Российской Федерации последний ежеквартально представляет администрации области отчеты об использовании средств фонда.
4. Областной государственный заказчик осуществляет контроль за целевым использованием средств фонда, выделяемых им соответствующим исполнителям мероприятий по восстановлению и охране водных объектов.