5.1 Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Саха (Якутия) по представлению Председателя Правительства Республики Саха (Якутия).
5.2 Для коллегиального рассмотрения основных вопросов деятельности Министерства образуется и действует коллегия в составе 13 членов. Персональный состав членов коллегии утверждается Правительством Республики Саха (Якутия).
Заседания коллегии проводятся не менее одного раза в квартал. Решения коллегии носят рекомендательный характер и оформляются и реализуются при необходимости приказами министра.
5.3. В компетенцию коллегии входит:
5.3.1. Предварительное рассмотрение нормативных актов и программ действий Правительства по вопросам сельского хозяйства.
5.3.3, Заслушивание отчетов и информаций руководителей управлений, отделов Министерства, подведомственных предприятий и учреждений.
5.3.4. Контроль за ходом выполнения указов и распоряжений Президента Республики Саха (Якутия), постановлений и распоряжений Правительства Республики Саха (Якутия).
5.4. Министр сельского хозяйства и заготовок Республики Саха (Якутия):
5.4.1. Представляет Министерство во всех государственных и общественных органах, судах без доверенности.
5.4.2. Обеспечивает выполнение задач, возложенных Министерству.
5.4.3. Осуществляет текущее руководство деятельностью Министерства, несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство задач и функций, распределяет обязанности между заместителями министра и руководителями структурных подразделений аппарата Министерства.
5.4.4. Обеспечивает соблюдение нормативно-правовых актов Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).
5.4.5. Утверждает в пределах установленной численности и фонда оплаты труда структуру, штатное расписание аппарата Министерства, а также смету расходов на содержание аппарата в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований. Утверждает положения о структурных подразделениях Министерства, уставы государственных унитарных предприятий, предприятий, в имуществе которых доля государственного имущества составляет более 51%, и положения государственных учреждений.
5.4.6. Назначает на должность и освобождает от должности работников аппарата, руководителей государственных предприятий, предприятий, в имуществе которых доля государственного имущества составляет более 51%, и учреждений, улусных (городских) управлений сельского хозяйства.
5.4.7. Утверждает Положения о премировании работников аппарата министерства, подведомственных государственных учреждений и предприятий.
5.4.8. Дает обязательные для исполнения распоряжения, издает приказы.
5.4.9. Отменяет приказы, распоряжения руководителей улусных управлений сельского хозяйства, подведомственных учреждений, предприятий, противоречащие действующему законодательству и настоящему Положению.
5.4.10. Налагает меры дисциплинарного взыскания, применяет меры поощрения к руководителям подведомственных учреждений и предприятий, работникам аппарата Министерства.
5.5 Финансирование деятельности Министерства осуществляется за счет средств государственного бюджета Республики Саха (Якутия) и внебюджетных источников.