Управление бюджетом Фонда осуществляет Правительство Республики Алтай.
Оперативное управление бюджетом Фонда осуществляет Правительство Республики Алтай через уполномоченные органы.
Министерство экономики Республики Алтай проводит конкурсный отбор инвестиционных проектов для включения их в Реестр.
Правительство Республики Алтай через уполномоченные на то органы предоставляет государственные гарантии, финансирует за счет средств бюджета Фонда и обеспечивает возврат выделенных средств.