Негосударственную часть Архивного фонда Республики Алтай составляют архивные фонды и архивные документы, находящиеся в собственности общественных объединений и организаций, действующих на территории Республики Алтай с момента их регистрации, религиозных объединений и учреждений, негосударственных объединений (корпораций, ассоциаций, акционерных обществ), учреждений, организаций и предприятий промышленности, сельского хозяйства, других отраслей экономики, науки, культуры, социальной сферы, средств массовой информации, а также физических лиц (документы личного происхождения, фамильные архивы, коллекции документов и другие), представляющие собой определенную ценность для собственника.
Отнесение документов к составу Архивного фонда Республики Алтай осуществляется Государственной архивной службой Республики Алтай совместно с собственниками этих документов на основании соглашения (договора) после экспертизы их ценности.