В целях обеспечения системности и научно выверенного подхода к реализации Программы введено понятие научного руководства выполнением Программы. Научными руководителями Программы являются Институт гуманитарных исследований Академии наук РС (Я) и Якутский государственный университет им.М.К.Аммосова, которые формируют научный экспертный совет Программы и координируют его деятельность. Утверждение отчетов по выполнению научных мероприятий Программы и возможность их дальнейшего финансирования проводится научными руководителями Программы.