Усть-Нейское поселение расположено в северо-западной части Макарьевского района. На севере граничит с Нейским, на западе - с Кадыйским и Антроповским районами, на востоке - с городом Макарьев, на юге - с Николо-Макаровским поселением Макарьевского района, на юго-востоке - с Горчухинским поселением Макарьевского района.
Картографическое описание границы начинается на северо-востоке территории от точки А - стыка границ Усть-Нейского поселения с Унженским поселением, городом Макарьев Макарьевского района и Нейским районом. От точки А граница по смежеству с городом следует ломаной линией в юго-западном и южном направлении вдоль реки Нея по восточной границе лесных заболоченных угодий СПК "Русь" до точки Б.
По смежеству с городом граница Усть-Нейского поселения от точки Б идет ломаной линией в юго-восточном направлении по восточной границе заливных и заболоченных лесных и кормовых угодий СПК "Макарьевское", пересекая р. Анница. В 150 м восточнее оз. Анницкое граница поселения меняет направление на юго-западное и по южной стороне озера подходит к р. Нея и по левому берегу ее следует около 3 км. Пройдя это расстояние по берегу реки, граница поселения далее идет 3,5 км ломаной линией по границе заливных и заболоченных лесных угодий хозяйства. В 2,5 км восточнее д. Кондратово граница поселения поворачивает и более 500 м следует на юго-запад до точки В и подходит к реке Нея.
От точки В в 500 м северо-западнее урочища Шахра граница Усть-Нейского поселения, поворачивая на северо-восток, отходит от берега реки и идет ломаной линией по суходольной северной границе лесных площадей СПК "Рассвет" (участок N 1). От этой точки смежной территорией Усть-Нейского поселения является город Макарьев. Пройдя около 4 км в этом направлении, граница пересекает ЛЭП 35 кВ Полома-Власово, делает поворот и около 1,5 км идет ломаной линией на восток. Затем снова поворачивает и так же по границе СПК проходит в юго-восточном направлении. В 800 м северо-восточнее д. Киселиха пересекает автодорогу общего пользования Кострома-В.Спасское и идет до реки Унжа. Пересекает ее и ломаной линией более 2 км следует по границе заливных и заболоченных лесных площадей СПК "Рассвет" на юго-восток, пересекая высоковольтную линию. Затем поворачивает и 600 м идет на северо-восток. Далее снова делает поворот и 700 метров идет по границе лесных угодий хозяйства на юго-восток. Снова, меняя направление, граница поселения ломаной линией идет по границе заливных и заболоченных лесных угодий СПК "Рассвет" (уч. N 1) в общем южном направлении. Дойдя в этом направлении до северо-западного угла квартала 104, граница поселения поворачивает и идет 6 км на восток прямой линией по северной просеке кварталов 104-108 Макарьевского лесничества ФГУ "Макарьевский лесхоз". От северо-восточного угла квартала N 108 граница, поворачивая, идет около 2,5 км также прямой линией на юг по восточной просеке квартала 108 Макарьевского лесничества до точки Г.
От северо-западного угла квартала 60 Красногорского лесничества (точка Г) граница поселения по смежеству с Горчухинским поселением огибает квартал с севера и доходит до р. Белый Лух. Затем вниз по течению реки, которая одновременно является восточной границей кварталов 60, 73, 82 и южной границей кварталов 82-79, 98-96, граница Усть-Нейского поселения идет в общем юго-западном и западном направлении. Дойдя до места впадения реки Белый Лух в реку Унжа, граница поселения следует на юго-запад по левому берегу р. Унжа до места впадения Марковицкой заводи в реку Унжа и точки Д, пересекая заводь.
От точки Д граница Усть-Нейского поселения граничит с Горчухинским поселением. От этого места еще около 3 км граница поселения идет по левому берегу реки Унжа на юго-запад до точки Е.
От точки Е по смежеству с Николо-Макаровским поселением граница, пересекая реку Унжа, идет вначале 300 м на запад по заливным угодьям СПК "Заря", потом 600 м на северо-запад, пересекая протоку Староречье, и чуть более 1 км на север, проходя по южной границе заливных лесных и заболоченных сельскохозяйственных угодий СПК "Заря". В 1 км южнее д. Марковица граница поселения 700 м идет на северо-восток и, снова поворачивая, ломаной линией следует в общем северо-западном направлении по южной границе лесных и сельскохозяйственных земель хозяйства, пересекая ручей без названия. В 400 м юго-западнее д. Марковица граница поселения подходит к автодороге Якимово-Нежитино и 600 м идет вдоль нее на запад. Далее пересекает дорогу, линию электропередач и продолжает следовать ломаной линией по южной границе в основном лесных земель СПК "Заря" на северо-запад до р. Водгать. Затем метров 800 граница идет по реке на северо-восток до точки Ж.
От точки Ж граница поселения следует на северо-восток по середине реки Водгать, которая является одновременно границей между Макарьевским и Кадыйским районами, до точки З.
От точки З по смежеству с Кадыйским районом граница Усть-Нейского поселения от юго-западного угла квартала 110 следует в общем северном направлении, совпадая с границей между районами до точки И.
От точки И по смежеству с Кадыйским районом граница Усть-Нейского поселения резко меняет направление, следует на север по западной просеке кварталов 80, 66, 55, затем, поворачивая, идет 750 м на запад по южной просеке квартала 47 до точки К.