Министерство осуществляет следующие полномочия:
1. внесение Главе Республики Алтай, Председателю Правительства Республики Алтай и в Правительство Республики Алтай проектов конституционных законов Республики Алтай, законов Республики Алтай, актов Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай и Правительства Республики Алтай, других документов, по которым требуется решение Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай или Правительства Республики Алтай по вопросам, относящимся к компетенции Министерства и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай;
2. обеспечение исполнения федерального и республиканского законодательства по вопросам, относящимся к установленной сфере деятельности;
3. обобщение практики применения законодательства Республики Алтай и проведение анализа реализации государственной политики Республики Алтай в установленной сфере деятельности, разработка на этой основе мер по совершенствованию своей деятельности;
4. проведение в установленном законодательством Российской Федерации порядке конкурсов и заключение государственных контрактов на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд Министерства и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай, а также на проведение научно-исследовательских работ для иных государственных нужд по вопросам, относящимся к компетенции Министерства;
5. осуществление функций главного распорядителя средств республиканского бюджета, субвенций, предусмотренных на содержание Министерства, подведомственных учреждений и реализацию возложенных на него функций;
6. внесение Главе Республики Алтай, Председателю Правительства Республики Алтай в соответствии с федеральным и республиканским законодательством предложений о заключении договоров и соглашений Республики Алтай, касающихся сферы деятельности Министерства;
7. внесение предложений в Правительство Республики Алтай и федеральным органам государственной власти о досрочном прекращении, приостановлении или ограничении прав пользования природными ресурсами, рекреационными территориями и объектами в связи с нарушением условий и требований по их использованию;
8. обобщение практики деятельности подведомственных Министерству государственных учреждений Республики Алтай, осуществление мер, направленных на ее совершенствование;
9. разработка на основании данных, представляемых подведомственными Министерству государственными учреждениями Республики Алтай, предложений по формированию проекта республиканского бюджета и субвенций из федерального бюджета в части, касающейся финансирования содержания Министерства и подведомственных Министерству государственных учреждений Республики Алтай; формирование доходной части федерального и республиканского бюджета в части администрирования платежей за пользование природными ресурсами;
10. организация и проведение проверки деятельности и исполнения федеральных и республиканских законодательных актов подведомственных Министерству государственных учреждений;
11. подготовка и внесение не позднее марта месяца текущего года на рассмотрение Правительства Республики Алтай ежегодных докладов о деятельности Министерства и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай за прошедший год;
12. организация и осуществление кадрового обеспечения Министерства, в том числе профессиональной подготовки, переподготовки, повышения квалификации и стажировки кадров; участие в кадровом обеспечении подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай;
13. организация и осуществление мер по обеспечению здоровых и безопасных условий труда, участие в расследовании аварий, групповых несчастных случаев и случаев со смертельным исходом, анализ причин травматизма и профессиональных заболеваний и принятие мер по их устранению;
14. организация и осуществление информационного и правового обеспечения подведомственных Министерству государственных учреждений Республики Алтай;
15. учреждение и ведение Красной книги Республики Алтай;
16. организация приема граждан по вопросам деятельности Министерства, обеспечение своевременного и в полном объеме рассмотрения их устных и письменных обращений с уведомлением граждан о принятии решений в установленные законодательством сроки;
17. упорядочение деятельности природных парков Республики Алтай, зонирование их территорий, расчет экологической нагрузки и введение системы квотирования посещений особо охраняемых территорий, разработка и реализация программ по увеличению доходов;
18. осуществление в соответствии с законодательством Российской Федерации работ по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Министерства;
19. разработка и представление в Правительство Республики Алтай по его поручению предложений о приоритетных направлениях законопроектной деятельности Правительства Республики Алтай, а также проекты планов законопроектной деятельности Правительства Республики Алтай в установленной сфере деятельности;
20. осуществление Министерством следующих полномочий в установленной сфере деятельности:
20.1. В сфере недропользования:
20.1.1. внесение в Правительство Республики Алтай в соответствии с законодательством Российской Федерации проектов законов и иных нормативно-правовых актов в сфере недропользования и использования общераспространенных полезных ископаемых;
20.1.2. участие в разработке и реализации государственных программ геологического изучения недр, развития и освоения минерально-сырьевой базы Российской Федерации;
20.1.3. разработка и реализация территориальных программ развития и использования минерально-сырьевой базы;
20.1.4. создание и ведение территориальных фондов геологической информации, распоряжение информацией, полученной за счет средств бюджета Республики Алтай и соответствующих местных бюджетов;
20.1.5. участие в государственной экспертизе информации о разведанных запасах полезных ископаемых и иных свойствах недр, определяющих их ценность или опасность;
20.1.6. составление территориальных балансов запасов и кадастров месторождений и проявлений полезных ископаемых и учет участков недр, используемых для строительства подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых;