Целями развития рыбоводства Республики Алтай является достижение устойчивого функционирования новой для республики отрасли хозяйства на основе наукоемких технологий воспроизводства и выращивания ценных видов рыб с использованием естественного продукционного потенциала водоемов, полное самообеспечение рыбопосадочным материалом и выход на региональный рынок. Первоочередной задачей развития рыбоводства в республике является создание базы инкубации икры и получение кондиционной молоди для зарыбления многочисленных водоемов. В настоящее время реальная ситуация складывается следующим образом.
Водоемы Республики Алтай остаются не зарыбленными, потому как, сроки получения мальков в равнинной части Сибири и сроки распаления льда, а также развития кормовой базы на высокогорных озерах не совпадают по времени. В связи с этим, создание базы для подращивания мальков (передержки в искусственных условиях с кормлением) должно стать началом всех рыбоводных работ в 2006-2007 годах.
Это в свою очередь, даст возможность в короткий срок подготовить специалистов-рыбоводов для отрасли. Создание базы инкубации и подращивания мальков планируется на территории сельского поселения с.Кызыл-Озек, расчетной мощностью в 4-5 млн.экземпляров. В Улаганском районе имеется приспособленный к инкубированию мальков форели инкубатор, который требует дополнительных финансовых вложений.
Для этого необходима бонитировка водоемов, где имеются маточные стада сиговых и лососевых рыб (Улаганский, Турочакский, Кош-Агачский и Усть-Коксинский районы). Необходимо также совместно с профильными научно-исследовательскими учреждениями определить перспективные озера для охраняемых маточных стад.
Новым и перспективным направлением, как для республики, так и в целом Сибири, являются научно-исследовательские работы по воспроизводству тайменя. Реализацию этой Программы необходимо проводить в тесном сотрудничестве с профильными научными рыбохозяйственными организациями также с 2006 года.