Республика Алтай обладает значительной акваторией разнообразных водоемов, отличающихся морфометрией, гидрологическим режимом, качественным и количественным развитием биоты, что диктует необходимость разработки различных методов использования их полезных сырьевых ресурсов. Современное освоение рыбных ресурсов водоемов Республики Алтай базируется на малоэффективном рыбоводстве, осуществляемом в основном местными жителями для личного потребления: рыбоводные работы по выращиванию ценных видов рыб в приспособленных озерах прекращены с середины 80-х годов.
Республиканская целевая программа "Развитие рыбоводства Республики Алтай на 2006-2007 годы" направлена на более эффективное использование природных биологических ресурсов водоемов республики.