Анализ современного состояния рыбоводства Республики Алтай позволяет сформулировать основные проблемы, препятствующие его развитию.
При наличии уникальных водных биоресурсов в республике не разработан механизм их эффективного использования и преумножения.
Причина этого заключается в следующем:
- отсутствии комплексного и централизованного подхода к управлению развитием рыбоводства в республиканском масштабе;
- слабой изученности экологических особенностей горных водоемов, фрагментарности научных исследований и отсутствии кадастра перспективных для рыбоводства водоемов;
- отсутствии республиканской базы воспроизводства рыбных запасов и традиционная ориентация на привозной рыбопосадочный материал из других регионов Сибири, цены на который растут такими темпами, что ставит под сомнение экономическую целесообразность зарыбления высокогорных водоемов.