Программа осуществляется на основе действующего законодательства Российской Федерации.
Механизм реализации Программы включает в себя следующие элементы:
- планирование и прогнозирование (определение направлений по развитию рыбоводства);
- экономические и правовые формы воздействия, регулирующие отношения республиканских отраслевых органов, в процессе реализации мероприятий Программы;
- организационную структуру управления Программы (определение состава, функции согласованности звеньев, административно-хозяйственного управления).
Для осуществления Программы предусматривается использовать механизмы развития отрасли рыбоводства Республики Алтай (создание цеха по инкубированию икры, маточного стада форели, тайменя, проведение научно-исследовательских работ в области рыбоводства, проведение мониторинга, зарыбление водоемов).
Главным условием реализации Программы является финансирование за счет средств республиканского бюджета.
ГУ РА "Горно-Алтайский селекционно-племенной центр" представляет в Министерство сельского хозяйства Республики Алтай отчет о целевом использовании бюджетных средств Программы.