Государственным заказчиком Программы являются Правительство Республики Саха (Якутия), Министерство сельского хозяйства Российской Федерации. Координатор программы - Департамент научно-технологической политики и образования Министерства сельского хозяйства РФ, Министерство науки и профессионального образования РС (Я).
Для реализации Программы Правительством РС (Я), Министерством сельского хозяйства РФ принимаются нормативно-правовые акты, согласовываются совместные действия по реализации программных мероприятий, осуществляется финансирование и контроль за использованием выделенных средств, координируется деятельность по подготовке и реализации программных мероприятий, разрабатывается перечень целевых показателей для ежегодного контроля и проведения мониторинга реализации Программы.
Исходя из анализа хода реализации, промежуточных результатов, в Программу вносятся соответствующие корректировки.