Основными задачами департамента являются:
2.1. Проведение последующего государственного финансового контроля на территории Костромской области;
2.2. Проведение государственного контроля в сфере размещения заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд Костромской области;
2.3. Выявление причин и условий, способствующих нанесению вреда экономическим интересам области.