Контроль за реализацией Программы осуществляется администрацией Сахалинской области. Департаменты, комитеты и управления администрации Сахалинской области ежемесячно представляют межведомственной комиссии информацию о проведенной согласно плану работе, а также пояснения о причинах невыполнения того или иного мероприятия. Невыполнение плана мероприятий или положений Программы межведомственная комиссия отражает в своем отчете с указанием причин невыполнения и виновных лиц. К должностным лицам, не обеспечившим в установленные сроки исполнение предусмотренных Программой мероприятий или допустивших нецелевое использование средств, выделенных на реализацию Программы, администрацией Сахалинской области применяются меры дисциплинарного воздействия.
Муниципальные образования ежеквартально представляют межведомственной рабочей комиссии информацию о выполнении планов реформирования, информацию о реализации отдельных мероприятий Программы, материалы мониторинга качества управления. На основании указанных документов осуществляется оценка участия муниципальных образований в реализации Программы.