Морской транспорт играет ведущую роль в транспортной системе Сахалинской области. В структуре грузооборота всех видов транспорта 58,8% приходится на морской транспорт. В 2005 году предприятиями морского транспорта отправлено 3 млн. тонн грузов, или 118,5% к уровню 2004 года. Инфраструктура морского транспорта области включает в себя морские торговые и рыбные порты, транспортный флот и морскую железнодорожную переправу (Ванино-Холмск).
На территории Сахалинской области находятся 11 морских портов, в том числе 9 торговых и 2 рыбных. Морские торговые порты городов Холмска и Корсакова являются самыми крупными незамерзающими портами, через которые проходит основной грузопоток поступающих в область народнохозяйственных и специализированных грузов.
В Сахалинской области действуют международные паромные сообщения по направлениям Холмск - Отару (о. Хоккайдо, Япония) и Вакканай - Корсаков (о. Хоккайдо, Япония); налажено надежное круглогодичное морское пассажирское сообщение между Сахалином и Курильскими островами.
Самой крупной судоходной компанией Сахалинской области является "Сахалинское морское пароходство" (SASСO). С 2000 года отмечается постоянный рост перевозок грузов транспортными судами компании в каботаже и с зарубежными странами. Принятие в эксплуатацию федеральных автодорог Чита-Хабаровск, Лидога-Ванино обеспечило рост количества поступающей на остров автомобильной и строительной техники.