Финансово-бюджетную систему Сахалинской области образуют собственно областной бюджет и бюджеты 19 городских округов и муниципальных районов. В составе областного бюджета консолидирован ряд бюджетных фондов, например, Сахалинский областной фонд социальной поддержки населения, Фонд развития Сахалина, областной фонд компенсаций, фонд софинансирования социальных расходов и др.
Полномочия участников бюджетного процесса в Сахалинской области, порядок составления, рассмотрения, утверждения и исполнения областного бюджета, а также вопросы финансового контроля и отчетности регулируются Законом Сахалинской области от 18 июля 2000 года N 199 "О бюджетном процессе в Сахалинской области".
Указанным законом установлен принцип казначейского исполнения областного бюджета, при котором регистрация поступлений, регулирование объемов и сроков принятия бюджетных обязательств, совершение разрешительной надписи и право осуществления расходов в рамках выделенных лимитов бюджетных обязательств, осуществление платежей от имени получателей средств областного бюджета возлагаются на орган, осуществляющий казначейское исполнение областного бюджета. Исполнение областного бюджета осуществляется на основе отражения всех операций и средств областного бюджета в системе балансовых счетов органа, осуществляющего казначейское исполнение областного бюджета.
Исполнение областного бюджета осуществляется главным финансовым управлением Сахалинской области на основе сводной бюджетной росписи. Бюджетная роспись составляется главным распорядителем средств областного бюджета по распорядителям и получателям бюджетных средств на основе утвержденного областного бюджета в соответствии с функциональной и экономической классификацией расходов бюджетов Российской Федерации с поквартальной разбивкой и представляется в главное финансовое управление области. Бюджетная роспись по распорядителям и получателям средств областного бюджета направляется для сведения в Сахалинскую областную Думу и контрольно-счетную палату Сахалинской области.
Главное финансовое управление Сахалинской области представляет ежеквартальные, полугодовой отчеты об исполнении областного бюджета в Сахалинскую областную Думу и контрольно-счетную палату Сахалинской области, а также в Федеральное казначейство. Годовой отчет об исполнении областного бюджета вносится в Сахалинскую областную Думу губернатором Сахалинской области в форме проекта закона Сахалинской области и подлежит утверждению Сахалинской областной Думой.
Финансовый контроль за операциями с бюджетными средствами главных распорядителей, распорядителей и получателей бюджетных средств, кредитных организаций, других участников бюджетного процесса, а также за обеспечением целевого использования и своевременного возврата бюджетных средств в Сахалинской области осуществляет главное финансовое управление Сахалинской области. В целях обеспечения полномочий Сахалинской областной Думы по осуществлению финансового контроля создана контрольно-счетная палата Сахалинской области, которая осуществляет внешний аудит областного бюджета в соответствии с Законом Сахалинской области "О контрольно-счетной палате Сахалинской области".
В Сахалинской области муниципальным образованиям предоставляются из областного бюджета межбюджетные трансферты в форме:
финансовой помощи местным бюджетам в виде дотаций из областного фонда финансовой поддержки муниципальных районов (городских округов);
субсидий местным бюджетам из областного фонда муниципального развития;
субсидий местным бюджетам из областного фонда софинансирования социально значимых расходов;
субвенций местным бюджетам из областного фонда компенсаций;
бюджетных кредитов местным бюджетам.
Цели и задачи региональной бюджетной политики определены федеральной бюджетной и налоговой политикой, основанной на Бюджетном послании Президента Российской Федерации и Концепции социально-экономического развития Сахалинской области до 2010 года.