Организацию выполнения и контроля за выполнением Программы осуществляет государственный заказчик - Министерство здравоохранения Республики Дагестан.
Министерство здравоохранения Республики Дагестан в установленном порядке представляет отчеты о расходовании средств республиканского бюджета Республики Дагестан в Министерство финансов Республики Дагестан и Министерство экономики Республики Дагестан.
Ежегодно информация о ходе выполнения Программы представляется в Правительство Республики Дагестан.