Противопаводковые мероприятия направлены на предотвращение возможных разрушений во время половодий и затопления мелиорированных земель и гидротехнических сооружений, а также на проведение восстановительных работ по устранению последствий прошедших паводков. Эти мероприятия включают следующие виды работ: восстановление осушительной сети, трубопереездов, очистка русел каналов, разрушенных водоприемников, засыпка промоин, укрепление русел, восстановление земляного полотна.
Данные мероприятия выполняются ФГУ "Защитных сооружений Костромской низины" и организациями ФГУ "Управление "Костромамелиоводхоз" за счет средств федерального бюджета.