Комплексное управление реализацией программы осуществляет департамент АПК Костромской области, который:
- определяет наиболее эффективные формы и процедуры организации работ по реализации Программы;
- координирует работу исполнителей программных мероприятий и проектов;
- проводит согласование объемов финансирования на очередной финансовый год и на весь период реализации Программы;
- утверждает распределение федеральных и областных средств, выделяемых на безвозмездной основе по соответствующим программным мероприятиям и расходным статьям. При сокращении объемов финансирования Программы, корректирует перечень мероприятий на очередной год, определяет приоритеты, принимает меры по привлечению внебюджетных источников для финансирования Программы;
- обеспечивает контроль реализации Программы включающий в себя контроль за эффективным использованием выделяемых финансовых средств, контроль за качеством проводимых мероприятий путем экспертных оценок, контроль за выполнением сроков реализации мероприятий, исполнением договоров и контрактов;
- осуществляет сбор периодической отчетности о ходе выполнения программных мероприятий, подготавливает и в установленном порядке представляет отчет об эффективности использования средств федерального и областного бюджетов соответствующим органам государственной власти.