На Министерство здравоохранения Республики Алтай возлагаются обязанности по реализации подпрограммы, достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение подпрограммы.
Министерство здравоохранения Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию подпрограммы финансовых средств, ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки по программным мероприятиям подпрограммы, объемы и источники финансирования, механизм реализации, состав исполнителей.
Министерство здравоохранения Республики Алтай ведет учет и осуществляет хранение документов, касающихся подпрограммы (заключения, соглашения, договоры (контракты), правовые акты, отчеты, утвержденную целевую подпрограмму, акты сверки выполненных работ, копии бюджетных заявок, результаты анализов хода выполнения мероприятий.).
Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай, заинтересованных исполнительных органов государственной власти Республики Алтай осуществляет контрольные проверки хода реализации подпрограммы. В ходе проверки обращается внимание на выполнение сроков отдельных мероприятий, на целевое, эффективное использование средств, выделяемых на реализацию данной подпрограммы, привлечение средств федерального бюджета и местных бюджетов, конечные результаты подпрограммы.